ThermoBLAST-CEは注釈付きフォーマット済シークエンスのデータベースに関する膨大なレポジトリを含んでおり、このシークエンスデータベースはカスタム配列プレイリストに再構成可能です。 下図には良く使用されるプレイリストが示されています。クラウドベースのソフトウェアであるThermoBLAST-CEでは、コンピューターの容量に制限がある利用者を悩ませる、メモリー、記憶容量および処理能力に関する制限を受けず、必要な大きさのデータベースを構築しておくことが可能です。