Visual OMP™ のシミュレーションエンジンは非常にパワフルであり、多状態平衡間共役モデルを採用し、不完全な熱力学的モデルの使用や相互作用を阻害する2次構造の存在によってデザインの際に予測されていたほどはワークしないアッセイ中の現象を解析します。
問題を起こしているプライマーやプローブが同定された後は、Visual OMPs デザインソフトを用いて、既存のオリゴヌクレオチドの存在条件でアッセイの感度と特異性を最適化した新たなオリゴヌクレオチドをデザインします。既存の配列はfastaファイル形式でVisual OMPに取り込まれますが、配列に名称が付けられてない場合はOligo_1、_2といったように名付けられます。