Visual OMPは個々のオリゴが系中に存在する他の全てのオリゴに対して、意図したハイブリダイゼーションや意図しないミスハイブリダイゼーションを起こすかどうかを評価するためのデザインアルゴリズムを利用し、複数のプライマーやプローブを同時にデザインできるマルチプレックスPCRプライマーデザインソフトウェアです。
何種類のプライマーを同時にデザインできるかは、ターゲット数、ターゲット長、2次構造等の因子に依存しており、さらには実験条件も影響を与えます。デザイン可能なケースとしては、500塩基対程度の20種類のターゲットに対し、標準的なエンドポイントPCRを実施する場合が挙げられます。
これより多量のターゲットに対してデザインを行う場合、サーバーベースのデザインおよびシミュレーションコマンドラインを利用するVisual OMPデベロッパーエディションを利用する必要があります。