RNAターゲット選択

下図はVisual OMP™ を用いて予測されたRNAの2次構造とその上にマッピングされた対象配列へのアクセシビリティプロットであり、所与の条件下でのプライマーやプローブのデザインの際に最適と考えられるターゲット領域を示しています。

アクセシビリティプロット中で対象配列の構造の複雑性が高い部分（緑）と対象配列中で形成されているペアのアンフォールディングの際の自由エネルギー変化が大きい部分（青）が重なっている部分は強い2次構造が形成されている部分であり、この領域はデザインの際にターゲットから除外するべきであることを示しています。