Visual OMP™を用いることで、単一のSNPやバイナリIUPAC縮重コードで記載された部分配列を含む配列に対し、アレル特異的プライマーやプローブをデザインすることが可能です。
下の例では、C. albicansのW縮重コード(AまたはT)を持つ配列に関して、Visual OMPを用いてデザインされたアレル特異的なフォワードプライマーと共通のリバースプライマーを用いて、縮重コードに対応する部分の配列の97.95 %が正しく識別されました。現時点では複数のSNP部位や複数の縮重コードを同時には識別/同定できません。