PEPperMAP™ 抗体交差反応性解析サービス

PEPperMAP™ 抗体交差反応性解析サービス

抗体は治療、診断や研究用途で欠くことが出来ないツールです。しかしながら、抗体の特異性・交差反応性についての網羅的解析はほとんど行われていないのが現状です(Nature の記事 Reproducibility crisis: Blame it on the antibodiesを参照)。例えばMount Sinai病院の研究者達はCUZD1と呼ばれる、すい臓がんの診断マーカー候補に長い間着目していました。チームはCUZD1特異的抗体を含むタンパク質検出キットを2年以上も購入し、使用していましたが、最終的に当該抗体はCUZD1ではなく別のタンパク質CA125に結合することが判明しました。その間、チームは500,000ドルもの費用と何千もの患者/ 潜在患者サンプルを無駄にしていました。
この例が示すように、抗体のバリデーションや交差反応性の試験は喫緊の課題です。この問題を解決するため、PEPperPrint 社ではPEPperCHIP™ ヒトエピトームマイクロアレイを用いた3ステップの抗体交差反応性試験を開発しました。
PEPperCHIP™ ヒトエピトームマイクロアレイはImmune Epitope Databaseに含まれる線形B細胞エピトープをカバーする29,128種類の異なったペプチド含んでいます。これにより、このマイクロアレイは、何千種類もの異なった抗原由来ペプチドに対する抗体の反応を観測するのに最適なツールとなります。ディスカバリーマイクロアレイ上には一度に多数のペプチドを配置することが可能であり、300以上の抗原由来のオーバーラッピングペプチドをアレイ上に配置できます。より少数の抗原の場合、PEPperCHIP™ 標準フォーマットマイクロアレイを使用して解析を行うことができます。


アプリケーション

· モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体の交差反応性プロファイリング

· 抗体反応プロファイリング

· 抗体との反応に必須のアミノ酸残基の決定

· エピトープおよびミモトープ探索

· 特異的な交差反応と非特異的相互作用の識別

· 抗体の交差反応性リスクの評価


サンプル

血清20μLまたは精製抗体20μg(標準フォーマットの場合)
血清100μLまたは精製抗体100μg(ディスカバリーフォーマットの場合)


必要情報

対象となるタンパク質の配列情報(FastaフォーマットまたはUniProt ID)


マイクロアレイ構成ペプチド

ランダムペプチド、ペプチド配列ライブラリまたはオーバーラッピングペプチド


コントロールペプチド

HAおよびFLAGペプチド


解析プロセス

PEPperCHIP™ ヒトエピトームマイクロアレイを用いたモノクローナル抗体およびポリクローナル抗体の交差反応性解析は以下の3ステップで構成されています。


1. 抗体を含むサンプルはPEPperCHIP™ ヒトエピトームマイクロアレイとインキュベートした後、適当な2次抗体で染色され、データを取得します。

2. データを定量化した後、ペプチドヒットリストが生成されます。上位のペプチドヒットはMEME ツールで解析され、ヒット間の共通モチーフ、必須および保存的アミノ酸残基の同定が行われます。共通モチーフの同定によって特異的な交差反応と非特異的な相互作用(例;酸性またはアルカリ性のペプチドとの相互作用)の明確な識別が可能になります。

3. MEME コンセンサスモチーフはFIMOツールを用いて解析され、タンパク質データベースの探索によって交差反応性を示すタンパク質候補が同定され、交差反応性の起こりやすさによってランク付けされます。
PEPperCHIP™ ヒトエピトームマイクロアレイとMEME/FIMOによるバイオインフォマティクス解析を組み合わせることで、迅速かつ効率的に、そして最低限のサンプル消費量で抗体の交差反応性を評価することが可能です。

PEPperCHIP™ ヒトエピトームマイクロアレイと抗体サンプルのインキュベーションでは、通常少数の明確な相互作用が観測されます(左)。得られたペプチドヒットはデータベース中の対応するデータとリンクされており、MEMEによる分析に利用されます(右)。