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Visual OMP&#x2122; Visual OMP&#x2122; は実験条件に最適化されたプライマーおよびプローブのセットをデザインするためのソフトウェアです。プライマーペアやプローブセットをどのような組み合わせでデザインすることも可能であり、他のオリゴヌクレオチドが存在する条件下でもデザイン可能です。 一旦実験の詳細な条件を入力すれば、Visual OMP&#x2122; の最近接モデルと多平衡状態間共役モデルを使用したデザインアルゴリズムを利用することによって、何千もの可能性のある組み合わせについてシミュレーションを行い、最も特異性が高く感度が良いオリゴヌクレオチドのセットを同定します。 デザイン方法は用途に応じてカスタム可能であり、例えばアンプリコンの長さやプライマー/プローブの長さに制限を設けたり、融解温度を指定することが可能です。 PCRプライマーのデザイン ターゲット、デザインの種類を選択し、実験条件を指定すればVisual OMP&#x2122; のデザインエンジンが単一またはマルチプレックスアッセイに最適で安定かつ特異的なPCRプライマーを決定します。 &#x25b6; 詳細はこちら 既存アッセイの分析 Visual OMP&#x2122; のシミュレーションエンジンを用いることで、新規にデザインしたプライマーをアッセイに加えることによる既存のプライマーの熱力学的パラメータの分析をシミュレーションすることが可能です。 &#x25b6; 詳細はこちら モルキュラービーコンのデザイン Visual OMP&#x2122; を用いることにより、所与の実験条件下で、遊離の状態ではヘアピンを形成して消光し、ターゲット配列の存在下では特異的に結合して蛍光を発することを可能にするよう、ビーコンプローブとステム構造のデザインを最適化することが可能です。 アッセイの最適化のため、様々な蛍光色素と消光剤のペアを使用した場合についてシミュレーションを行うことも可能です。 &#x25b6; 詳細はこちら SNP(Single Nucleotide Polymorphism)用プライマー/プローブデザインとシミュレーション 交差ハイブリダイゼーションが偽陽性の原因となりうるため、SNP用プライマー/プローブをデザインする際に感度は重要なファクターとなります。Visual OMP&#x2122; のデザインエンジンは、多型の検出感度を最適化するため、アレル特異的プライマーやプローブをデザインします。 &#x25b6; 詳細はこちら マルチプレックスPCRプライマーのデザイン Visual OMP&#x2122; は、高い特異性を持ち、ターゲット配列以外とのクロスハイブリダイゼーションやプライマーダイマーを形成しないマルチプレックスPCR用プライマーの配列をランク付けして示すことが可能です。 &#x25b6; 詳細はこちら Taqmanプローブデザイン Visual OMP&#x2122; はDNA2量体に対するプローブの結合の安定性に対する蛍光色素、消光剤およびMGB(minor groove binder)の与える熱力学的な影響をシミュレーションすることにより、高い特異性を持つTaqmanプローブ配列をデザインします。 &#x25b6; 詳細はこちら マイクロアレイプローブのデザインと解析 Visual OMP&#x2122; を利用することで、クロスハイブリダイゼーションやミスハイブリダイゼーションを防ぐとともに、適切なパフォーマンスを示す配列をデザインし、偽陽性や偽陰性の発生を防止することができます。 &#x25b6; 詳細はこちら RNAターゲット選択 様々な塩濃度や温度条件下でのフォールディングの迅速かつ正確なシミュレーションが可能であり、RNAターゲットのアクセシビリティや複雑さのプロファイリングにより、プライマーやプローブのデザインを最適化することが可能です。 &#x25b6; 詳細はこちら

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