DNASoftware 社

CopyCount™ を用いることで、qPCR実験の結果からコピー数を決定することができます。。

DNA Softwareはサイクル開始時のDNAコピー数を決定するため、どのようにPCR曲線の形を分析するかについて研究を重ねてきました。この研究の結果、Counting PCR (cPCR)と呼ばれるDNAの絶対定量法を開発しました。

Oligo KS™ （Oligo Kinetics Simulator）はオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションの速度論や分子内のフォールディングとハイブリダイゼーションの競合について理解するための革新的なソフトウェアです。

PCRプライマーのデザインが適切でないことがPCRによる増幅の失敗、あるいはシングルまたはマルチプレックスPCRアッセイにおける偽陽性および偽陰性が発生する最も大きな要因です。

Visual OMP™ を用いることで、分子ビーコンやアレル特異的分子ビーコンペアを両方デザインすることが可能です。ループ構造やステム構造のサイズ、融解温度、および自由エネルギー変化がビーコンの特異性および感度向上のために最適化されます。

PCRプライマーのデザインが適切でないことがPCRによる増幅の失敗、あるいはシングルまたはマルチプレックスPCRアッセイにおける偽陽性および偽陰性が発生する最も大きな要因です。

Visual OMP™ は用途に応じ、選択可能な蛍光色素、消光剤、マイナーグルーブバインダーによる熱力学的な寄与を考慮に入れ、TaqmanプローブとTaqmanマイナーグルーブバインダープローブの両方をデザイン可能です。

ThermoBLAST™ はミスハイブリダイゼーション部位を検出し、PCRにおける擬陽性を排除します

ThermoBLAST-CEは注釈付きフォーマット済シークエンスのデータベースに関する膨大なレポジトリを含んでおり、このシークエンスデータベースはカスタム配列プレイリストに再構成可能です。

Visual OMP™ のクロスハイブリダイゼーショングリッドを一目見ることでオリゴヌクレオチド間のヘテロダイマー形成を直感的に理解することが可能であり、クロスハイブリダイゼーションやミスハイブリダイゼーションが起こると予想されるプローブとターゲット配列の組み合わせを決定することが可能です。

Visual OMPは個々のオリゴが系中に存在する他の全てのオリゴに対して、意図したハイブリダイゼーションや意図しないミスハイブリダイゼーションを起こすかどうかを評価するためのデザインアルゴリズムを利用し、複数のプライマーやプローブを同時にデザインできるマルチプレックスPCRプライマーデザインソフトウェアです。

Visual OMP™を用いることで、分子ビーコンやアレル特異的分子ビーコンペアを両方デザインすることが可能です。ループ構造やステム構造のサイズ、融解温度、および自由エネルギー変化がビーコンの特異性および感度向上のために最適化されます。

Visual OMP™: のシミュレーションエンジンは非常にパワフルであり、多状態平衡間共役モデルを採用し、不完全な熱力学的モデルの使用や相互作用を阻害する2次構造の存在によってデザインの際に予測されていたほどはワークしないアッセイ中の現象を解析します。