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ThermoBLAST™
ThermoBLAST™ はゲノムデータベース上で安定な相互作用を示すオリゴヌクレオチドを検出するソフトウェアです。BLASTとは異なり、ThermoBLAST™は以下の要素を考慮に入れることで重要なミスハイブリダイゼーション部位を検出し、PCRにおける擬陽性を排除します。
- 適切な熱力学的なスコアリングの実施（BLASTではGCペアとATペアを区別していません）
- 偽のアンプリコンの表示
- プライマー3’末端の伸長可能性と安定なミスマッチの考慮
- BLASTの相同性に基づくスコアとは異なり、相補性に基づくスコアリングを採用
- 溶液条件、塩の存在、バッファー、添加物およびその他の実験要素の考慮
プライマーの数が増加するに従い、偽のアンプリコンが生成される可能性が高まります。このため、特にマルチプレックスアッセイでは偽陽性が生じる可能性が高くなります。
現在の既存およびカスタマイズ可能なゲノムコレクション
- Human genome
- Human RefSeq
- Human microbiome
- Soil microbes panel
- Bacterial diversity panel
- Virus panels
- Human pathogen panel
表1. ThemoBLAST™と、Primer-BLASTおよびBLASTの特徴比較
| ThermoBLAST™ | Primer-BLAST | BLAST | |
| 単一ゲノムのスキャン | ✓ | ✓ | ✓ |
| 複数ゲノムのスキャン | ✓ | ||
| 既存のゲノムリスト | ✓ | ||
| 3’末端が伸長可能なヒットの検出 | ✓ | ✓ | ✓ |
| プローブのハイブリダイゼーション検出 | ✓ | ✓ | ✓ |
| プローブ色素やマイナーグルーブバインダーの評価 | ✓ | ||
| 特異性チェック | ✓ | ✓ | |
| 感度チェック | ✓ | ✓ | |
| ミスマッチの正しいスコアリング | ✓ | ||
| アンプリコンの検出 | ✓ | ✓ | |
| プライマーの伸長可能性のコントロール | ✓ | ||
| アンプリコン＋テール構造のダウンロード | ✓ | ||
| 結果の視覚化 | ✓ | ✓ | |
| ゲノムビューにおける詳細な熱力学的パラメータ | ✓ | ||
| マルチプレックス化 | ✓ | ||
| DNAとRNAバックボーンの識別 | ✓ | ||
| 修飾バックボーンへの適用 | ✓ | ||
| 修飾塩基への適用 | ✓ | ||
| １価の塩の使用 | ✓ | ||
| 2価の塩の使用 | ✓ | ||
| 異なる温度におけるシミュレーション | ✓ | ||
| 異なるプライマー濃度におけるシミュレーション | ✓ | ||
| ターゲットのダングリングエンドの正確なスコアリング | ✓ | ||
| バルジ構造の正確なスコアリング | ✓ |