SILACプロテオミクス解析用動物飼料

Silantes社では、13Cでラベルされたリシンを含む各種動物飼料を提供しております。飼料はマウス、ゼブラフィッシュ、ハエ、線虫酵母(Saccharomyces cerevisiae)に対して提供されています。

プロテオミクス解析用動物飼料

Silantes社では、13Cでラベルされたリシンを含む各種動物飼料を提供しております。飼料は以下の生物に対して提供されています。

  • マウス
  • ゼブラフィッシュ
  • ハエ
  • 線虫
  • 酵母(Saccharomyces cerevisiae)

ゼブラフィッシュ用の飼料は図に示されているSILAC食物連鎖コンセントに基づいてProf. Marcus Krugerの研究室と共同で開発されました。

この飼料を用いることで、ゼブラフィッシュタンパク質中の95-98%のリシンが13Cリシンで置換されます。

SILAC食物連鎖コンセプトによる飼料の調製

直接人工飼料を合成することは困難を極めるため、Silantes社では独自に開発した「食物連鎖コンセプト」に基づいてマウスやゼブラフィッシュの飼料を調製しています。

ラベル済み培地中で培養した酵母や大腸菌を餌として与えることで、食物連鎖の上位に位置する生物中のタンパク質をラベルします。

「食物連鎖コンセプト」の模式図

安定同位体は餌として供される13Cラベルされた生物を介して、カスケード状に上位に位置する生物に移転されます。 生体内の13C-リシンの割合をカスケードの各層で測定したところ、上位に移動するほどわずかな(1%以下)減少がみられました。

SILAC マウス用飼料

SILACマウスはマウス組織内でのタンパク質の発現・局在パターンを定量的に解析するために有用な新しいin vivoプロテオミクスアプローチです(Ong et al., 2006)。このアプローチは、確立された技術であるSILAC培地を用いた培養細胞中でのタンパク質の定量解析(Ong et al., 2002)と類似したコンセプトを使用しています。

マウスAとマウスBのタンパク質発現・局在プロファイルを比較するため、AおよびB由来の未ラベル(12C6-リシンのみを含む飼料で飼育）組織それぞれを13C6-リシンのみで飼育した参照用のマウスRの組織と混合し、測定します。

Silantes社ではProf. Matthias Mann(Max Plank Institute of Biochemistry)と共同でSILACマウス用キットを開発しました(Kruger et al., 2008)。

  • Lys(0)-SILAC-マウス飼料
    • 通常の12C6-リシンのみを含む飼料(軽飼料)。この飼料は上記解析でマウスAおよびBの両方に与えられます。
  • Lys(6)-SILAC-マウス飼料
    • 上記の飼料と12C6-リシンが13C6-リシンに置換された飼料（重飼料）。この飼料は参照用マウスRに与えられます。

上記の飼料の他、13C6-リシンが13C6, 15N2-リシンで置換されたLys(8)-SILAC-マウス飼料も提供しており、これを用いることで、酵素分解によって得られるペプチドにラベルの有無によって8 Daの違いが生じます。

参考文献

  • Krueger M., Moser M., Ussar S., Thievessen I., Luber Ch.A, Forner F., Schmidt S., Zanivan S., Faessler R. and Mann M. , SILAC Mouse for Quantitative Proteomics Uncovers Kindlin-3 as an Essential Factor for Red Blood Cell Function, Cell, 2008, 134, 353–364.

  • Ong, S.E., and Mann, M., A practical recipe for stable isotope labelling by amino acids in cell culture (SILAC)., Nat. Protoc., 2006, 1, 2650–2660.

  • Ong, S.E., Blagoev, B., Kratchmarova, I., Kristensen, D.B., Steen, H., Pandey A., and Mann, M., Stable isotope labeling by amino acids in cell culture, SILAC, as a simple and accurate approach to expression proteomics, Mol.Cell.Proteomics, 2002, 1, 376–386.

SILAC マウス用飼料製品リスト


表1. SILAC マウス用飼料製品リスト
製品番号 製品名 詳細 同位体 容量
230004500 Lys(0) Mouse Diet Lys(0)-SILAC-Mouse Diet; Pellet、 Ø10mm unlabeled 100 g
230004600 Lys(0) Mouse Diet Lys(0)-SILAC-Mouse Diet; Pellet、 Ø10mm unlabeled 1000 g
230004700 Lys(0) Mouse Diet Lys(0)-SILAC-Mouse Diet; Pellet、 Ø10mm unlabeled 10 kg
230914520 Lys(d4) Mouse Diet Lys(d4)-SILAC-Mouse Diet; Pellet D4-lysine 100 g
230914540 Lys(d8) Mouse Diet Lys(d8)-SILAC-Mouse Diet: Pellet、 Ø10mm 2H-AA 100 g
230914640 Lys(d8) Mouse Diet Lys(d8)-SILAC-Mouse Diet: Pellet、 Ø10mm 2H-AA 1000 g
230924530 Lys(6) Mouse Diet Lys(6)-SILAC-Mouse Diet: Pellet、 Ø10mm 13C-AA 100 g
230924630 Lys(6) Mouse Diet Lys(6)-SILAC-Mouse Diet; Pellet、 Ø10mm 13C-AA 1000 g
230924730 Lys(6) Mouse Diet Lys(6)-SILAC-Mouse Diet; Pellet、 Ø10mm 13C-AA 10 kg
230956330 Lys(6) Mouse Diet K Lys(6)-SILAC-Mouse Diet 1kg+1kg kit 13C、12C-AA 2000 g
230956630 Lys(6) Mouse Diet K Lys(6)-SILAC-Mouse Diet 100g+100g kit 13C-AA 200 g
230984540 Lys(8) Mouse Diet Lys(8)-SILAC-Mouse Diet; Pellet 13C、15N-AA 100 g
230984640 Lys(8) Mouse Diet Lys(8)-SILAC-Mouse Diet; Pellet 13C、15N-AA 1000 g
230986340 Lys(8) Mouse Diet K Lys(8)-SILAC-Mouse Diet 1kg+1kg kit 13C、15N-AA 2000 g
230986640 Lys(8) Mouse Diet K Lys(8)-SILAC-Mouse Diet 100g+100g kit 13C、15N-AA 200 g

SILAC ゼブラフィッシュ用試料

安定同位体でラベルされたゼブラフィッシュの組織は定量的プロテオミクス解析において「スパイク」として使用されます (Konzer et al., J. Proteome Res. 2014, 13, 2162−2174; Konzer et al., 2013, Molecular & Cellular Proteomics 12, 1502–1512)。

SILAC-ゼブラフィッシュ飼料は乾燥粉末の形態で届き、以下の3種類の要素から構成されています。

  • a) 幼魚用飼料(ZFJu) 13C-リシンラベル：下図に示される通り、以下の量の飼料を6週間与えます。
    • 4mg/日(1週目）、6mg/日(1週目）、8mg/日(3～6週目）
  • b) 幼魚用飼料(ZFJu) ラベル無し：下図の#に示される通り、以下の量の飼料を6週間与えます。
    • 週に1度、7日目に4mg
  • c) 成魚用飼料(ZFJu) 13C-リシンラベル：下図の#に示される通り、以下の量の飼料を6週間与えます。
    • 19mg/日(7～12週目）

SILACゼブラフィッシュ用飼料は図中に示されるラベル済み生物の混合物から構成されています。構成は幼魚および成魚それぞれに対し、異なる生物由来の成分を適切に配合することによって、幼魚の段階から成魚まで一貫した結果が得られるように開発されています。

図ではゼブラフィッシュ1匹あたりの12週間にわたる給餌のタイミングと量が示されています。

図4では通常の飼料（緑）、ラベル無しSILAC飼料（紫）および13C-リシンラベルSILAC飼料(赤）を給餌した場合の生存率が示されています。この図から、通常の飼料では6週間後の生存率は90%前後であり、SILAC飼料の場合では25%の下落が観察されます（100匹からスタート）。

また、下図では12週間後のタンパク質中の13C-リシンの割合を調べた結果、平均96%ラベルが達成されていることが判明しました。

SILACゼブラフィッシュ用飼料製品リスト


表2. SILAC ゼブラフィッシュ用飼料製品リスト
製品番号 製品名 詳細 同位体 容量
232924135 Lys(6) FishDiet Ad Lys(6)-SILAC-Fish Diet lyophilized adult 13C-AA 1 g
232924136 Lys(6) FishDiet Ju Lys(6)-SILAC-Fish Diet lyophilized juvenile 13C-AA 1 g
232924335 Lys(6) FishDiet Ad Lys(6)-SILAC-Fish Diet lyophilized adult 13C-AA 10 g
232924336 Lys(6) FishDiet Ju Lys(6)-SILAC-Fish Diet lyophilized juvenile 13C-AA 10 g
232926437 Lys(6) FishDiet kit Lys(6)-SILAC-Fish Diet lyophilized Kit (900mg Ad +350mg Ju + 25mg Unl) 13C-AA Kit

その他の生物用SILAC飼料

Silantes社ではハエや線虫用のSILAC飼料を開発し、提供しております。

SILACその他生物用飼料製品リスト

SILACハエ用飼料


表3. SILAC ハエ用飼料製品リスト
製品番号 製品名 詳細 同位体 容量
234004300 Lys(0) Yeast Lys(0)-SILAC-Fly Diet (S.cerevisiae)、 lyophilized unlabeled 10 g
234004500 Lys(0) Yeast Lys(0)-SILAC-Fly Diet (S.cerevisiae)、 lyophilized unlabeled 100 g
234924130 Lys(6) Yeast Lys(6)-SILAC-Fly Diet (S.cerevisiae)、 lyophilized 13C-AA 1 g
234924330 Lys(6) Yeast Lys(6)-SILAC-Fly Diet (S.cerevisiae)、 lyophilized 13C-AA 10 g
234924530 Lys(6) Yeast Lys(6)-SILAC-Fly Diet (S.cerevisiae)、 lyophilized 13C-AA 100 g
234984140 Lys(8) Yeast Lys(8)-SILAC-Fly Diet (S.cerevisiae)、 lyophilized 13C、15N-AA 1 g
234984340 Lys(8) Yeast Lys(8)-SILAC-Fly Diet (S.cerevisiae)、 lyophilized 13C、15N-AA 10 g
234984540 Lys(8) Yeast Lys(8)-SILAC-Fly Diet (S.cerevisiae)、 lyophilized 13C、15N-AA 100 g
234985140 Lys(8) Fly Gel Lys(8)-SILAC-Fly Diet (S.cerevisiae)、 Gel 13C、15N-AA 1 unit
234986640 Lys(8) Yeast Lys(8) SILAC-Fly Diet (S.cerevisiae)、 100g+100g kit、 lyophilized 13C、15N-AA 200 g

SILAC線虫用飼料


表4. SILAC 線虫用飼料製品リスト
製品番号 製品名 詳細 同位体 容量
236004300 Lys(0) E.coli Lys(0)-SILAC-Worm Diet (E.coli) unlabeled 10 g
236004500 Lys(0) E.coli Lys(0)-SILAC-Worm Diet (E.coli) unlabeled 100 g
236924330 Lys(6) E.coli Lys(6)-SILAC-Worm Diet (E.coli) 13C-AA 10 g
236924530 Lys(6) E.coli Lys(6)-SILAC-Worm Diet (E.coli) 13C-AA 100 g