SILAC培地

SILAC(Stable Isotopic Labeling of Amino Acids in Cell Culture)(Ong et al., 2006)は培養細胞を用いた定量的プロテオミクス解析に関する強力なツールです。この方法は適用範囲が広く信頼性が高い結果が得られます(Ong et al., 2006)。

SILAC培地

SILAC(Stable Isotopic Labeling of Amino Acids in Cell Culture)(Ong et al., 2006)は培養細胞を用いた定量的プロテオミクス解析に関する強力なツールです。この方法は適用範囲が広く信頼性が高い結果が得られます(Ong et al., 2006)。

SILAC培地を利用したプロテオミクス解析

細胞は使用するアミノ酸を除き、通常と同じ条件で培養されます。「軽い」培地(L)は全てラベル無しのアミノ酸で構成されており、「重い」培地(H)は1種類または2種類のラベルされたアミノ酸を使用しています。

通常2H、13C単独または13Cおよび15Nでラベルされたリシンもしくは13C単独または13Cおよび15Nでラベルされたアルギニンを使用します。

ラベルされたアミノ酸を含むタンパク質は含まないタンパク質と比較して分子量が増加しており、培養によって得られたタンパク質やペプチドの同定（L培地中の試料）と定量（H培地中の試料）を可能にします。

プロテオミクス解析の流れ

L培地中とH培地中で培養した場合のタンパク質発現パターンの違いを定量的に解析するためには、次のような手順で実験が行われます。

  1. L培地およびH培地で培養された細胞を混合します
  2. タンパク質を単離し、LysCやトリプシンでペプチドに分解します
  3. LS-MSで解析を行います。
図1. プロテオミクス解析の流れ
図1. プロテオミクス解析の流れ

細胞はL培地（ラベル無し）およびH培地（ラベル有り）中で培養されます。ラベル済みアミノ酸としてリシンを利用する場合、リシンを含まない培地を用意し、13Cでラベルしたリシンを添加します。培養した両方の細胞を1:1で混合します。
対象となるタンパク質またはその混合物を抽出し、例えばリシンの部位で切断するプロテアーゼLysC等で分解します。分解によって各培地中から得られた同一のタンパク質に由来するペプチドのペアが生じますが、末端に位置するリシン残基(C6)の差に起因して6 Daの差異が生じます。
これを利用してラベル無しおよびラベル有りのペプチドの存在比が質量分析によって決定されます。

SILAC培地製品

silantes社のSILAC培地製品はキットまたは構成要素個別に提供しております。キットには以下の構成要素を含みます。

  • DMEM/RPMI培地
    • 培地はリシン、アルギニンおよびグルタミンを含みません(c=200 mM)。
  • アミノ酸（リシンおよびアルギニン）

SILAC DMEM培地製品リスト


表1. SILAC DMEM培地製品リスト
製品番号 製品名 詳細 同位体 容量
280001200 DMEM DMEM (without Arg、 Lys、 Gln) unlabeled 1*500mL
280001300 DMEM DMEM (without Arg、 Lys、 Gln) unlabeled 10*500mL
281000800 FBS FBS、 dialyzed、 sterile unlabeled 1*50mL
281000900 FBS FBS、 dialyzed、 sterile unlabeled 10*50mL
281001200 FBS FBS、 dialyzed、 sterile unlabeled 500ml
282006500 DMEM-FBS-Kit SILAC DMEM FBS Kit (1*500mL DMEM、 1*50 mL FBS、 without Arg、 Lys、 Gln) unlabeled 500 ml
282916420 SILAC-K4-Kit SILAC Lys4 KIT (2*500 mL DMEM、 2*50 mL FBS、 2*5 mL GLN、 Lys4、 Lys0、 2*Arg0) 2H 2x500 mL
28292TEST SILAC-R6-Kit 2*500 mL DMEM、 2*50 mL FBS、 2*Lys-0、 Arg-6、 Arg-0 13C 2x500 mL
282926403 SILAC-R6-Kit SILAC Arg6 KIT (2*500 mL DMEM、 2*50 mL FBS、 2*5 mL GLN、 2*Lys0、 Arg6、 Arg0) 13C 2x500 mL
282926430 SILAC-K6-Kit SILAC Lys6 KIT (2*500 mL DMEM、 2*50 mL FBS、 2*5 mL GLN、 Lys0、 Lys6、 2*Arg0) 13C 2x500 mL
282926433 SILAC-K6-R6-Kit SILAC Lys6 Arg6 KIT (2*500 mL DMEM、 2*50 mL FBS、 2*5 mL GLN、 Lys6、 Lys0、 Arg6、 Arg0) 13C 2x500 mL
282946423 SILAC-K4-R6-Kit SILAC Lys4 Arg6 KIT (2*500 mL DMEM、 2*50 mL FBS、 2*5 mL GLN、 Lys4、 Lys0、 Arg6、 Arg0) 2H、13C 2x500 mL
282986404 SILAC-R10-Kit SILAC Arg10 KIT (2*500 mL DMEM、 2*50 mL FBS、 2*5 mL GLN、 2*Lys0、 Arg10、 Arg0) 13C、15N 2x500 mL
282986434 SILAC-K6-R10-Kit SILAC Lys6 Arg10 KIT (2*500 mL DMEM、 2*50 mL FBS、 2*5 mL GLN、 Lys6、Lys0、Arg10、Arg0) 13C、15N 2x500 mL
282986440 SILAC-K8-Kit SILAC Lys8 KIT (2*500 mL DMEM、 2*50 mL FBS、 2*5 mL GLN、 Lys8、 Lys0、 2*Arg0) 13C、15N 2x500 mL
282986443 SILAC-K8-R6-Kit SILAC Lys8 Arg6 KIT (2*500 mL DMEM、 2*50 mL FBS、 2*5 mL GLN、 Lys8、 Lys0、 Arg6、 Arg0) 13C、15N 2x500 mL
282986444 SILAC-K8-R10-Kit SILAC Lys8 Arg10 KIT (2*500 mL DMEM、 2*50 mL FBS、 2*5 mL GLN、 Lys8、Lys0、Arg10、Arg0) 13C、15N 2x500 mL
282996424 SILAC-K4-R10-Kit SILAC Lys4 Arg10 KIT (2*500 mL DMEM、 2*50 mL FBS、 2*5 mL GLN、Lys4、Lys0、Arg10、Arg0) 2H、13C、15N 2x500 mL

SILAC RPMI1640培地製品リスト


表1. SILAC DMEM培地製品リスト
製品番号 製品名 詳細 同位体 容量
283001200 RPMI 1640 RPMI 1640 w/o Arg、 Lys、 Gln unlabeled 500 mL
283001300 RPMI 1640 RPMI 1640 w/o Arg、 Lys、 Gln unlabeled 10x500 mL
284006500 RPMI-FBS-kit 1*500 mL RPMI、 1*50 mL FBS、 w/o Arg、 Lys、 Gln unlabeled 500 mL
284916420 SILAC-K4-Kit 2*500 mL RPMI、 2*50 mL FBS、 Lys-4、 Lys-0、 2*Arg-0 2H 2x500 mL
284926403 SILAC-R6-Kit 2*500 mL RPMI、 2*50 mL FBS、 2*Lys-0、 Arg-6、 Arg-0 13C 2x500 mL
284926430 SILAC-K6-Kit 2*500 mL RPMI、 2*50 mL FBS、 Lys-6、 Lys-0、 2*Arg-0 13C 2x500 mL
284926433 SILAC-K6-R6-Kit 2*500 mL RPMI、 2*50 mL FBS、 Lys-6、 Lys-0、 Arg-6、 Arg-0 13C 2x500 mL
284946423 SILAC-K4-R6-Kit 2*500 mL RPMI、 2*50 mL FBS、 Lys-4、 Lys-0、 Arg-6、 Arg-0 2H、13C 2x500 mL
284986404 SILAC-R10-Kit 2*500 mL RPMI、 2*50 mL FBS、 2*Lys-0、 Arg-10、 Arg-0 13C、15N 2x500 mL
284986434 SILAC-K6-R10-Kit 2*500 mL RPMI、 2*50 mL FBS、 Lys-6、 Lys-0、 Arg-10、 Arg-0 13C、15N 2x500 mL
284986440 SILAC-K8-Kit 2*500 mL RPMI、 2*50 mL FBS、 Lys-8、 Lys-0、 2*Arg-0 13C、15N 2x500 mL
284986443 SILAC-K8-R6-Kit 2*500 mL RPMI、 2*50 mL FBS、 Lys-8、 Lys-0、 Arg-6、 Arg-0 13C、15N 2x500 mL
284986444 SILAC-K8-R10-Kit 2*500 mL RPMI、 2*50 mL FBS、 Lys-8、 Lys-0、 Arg-10、 Arg-0 13C、15N 2x500 mL
284996424 SILAC-K4-R10-Kit 2*500 mL RPMI、 2*50 mL FBS、 Lys-4、 Lys-0、 Arg-10、 Arg-0 2H、13C、15N 2x500 mL
  • Lys-0およびArg-0はラベル無しのリシンおよびアルギニンを示します。
  • Lys-4は2H4-ラベルリシンを示します。
  • Lys-6およびArg-6は13C6-ラベルリシンおよび13C6-ラベルアルギニンを示します。
  • Lys-8は13C6, 15N2-ラベルリシンを示します。
  • Arg-10は13C6, 15N4-ラベルアルギニンを示します。