PEPperMAP™ コンフォメーションエピトープシングル置換スキャンサービス
コンフォメーションエピトープ置換スキャンは、コンフォメーションエピトープを模倣した環状ペプチドの各位置のアミノ酸残基を順々に標準アミノ酸20種類およびその他の非標準アミノ酸や非天然アミノ酸で置換したペプチドを用いて実施します。
アプリケーション
- コンフォメーションエピトープ中の保存および非保存的アミノ酸残基の同定
- 詳細な交差反応性解析
- 類似のモノクローナル抗体間およびバイオシミラー間の反応性のプロファイリング
- 治療用抗体に対するレスポンダー/ノンレスポンダーの識別のためのエピトープ配列同定
マイクロアレイ構成ペプチド
各位置でアミノ酸残基が置換されたエピトープ配列および元配列
置換アミノ酸
標準アミノ酸20種類。非標準アミノ酸や非天然アミノ酸も可能
ペプチド長
標準では13アミノ酸残基まで
変更も可能。最大20 アミノ酸残基
スキャン対象モチーフ配列長
標準では13アミノ酸残基（変更も可能）
オフセット
標準では1アミノ酸残基（変更も可能）
同一ペプチドの繰り返し数
2（変更も可能）
ペプチド環化手法
ジスルフィド結合形成またはチオエステル形成
コントロールペプチド
HA(YPYDVPDYAG)またはFLAG(DYKDDDDKAS)ペプチド
使用マイクロアレイの例
13アミノ酸残基から構成される出発ペプチドの場合、13×20
ペプチドから構成(各ペプチドを2重に配置するため、合計では2×13×20)
標準アウトプット
- アミノ酸プロット
- 置換マトリックス( 保存および非保存的アミノ酸残基情報を含む)を含むレポート
エピトープ配列に含まれる個々のアミノ酸残基に関する詳細な解析データは、バイオインフォマティクス解析によるモノクローナル抗体の交差反応性の予測に役立ちます。従来のblastによる保存的なコアモチーフの探索にかわり、変異による抗体との反応性の変化が見られない「寛容」な配列を分析することによって *in silico*手法によるモノクローナル抗体の交差反応性解析の精度を向上することが可能になります。
また、アミノ酸残基プロットにおける相対的な蛍光強度のデータを解析することによって、タンパク質全体にわたる交差反応性の半定量的予測が可能になります。
さらにPEPperMAP™ アミノ酸置換スキャンによる詳細なエピトープ解析の結果を利用すれば、2種類の類似のモノクローナル抗体間やバイオシミラーと先発医薬品間の反応性の差異を解析することも可能です。
個人のエピトープ配列をもとに治療抗体に対するレスポンダーとノンレスポンダーを識別することも解析結果から可能になります。