PEPperMAP™ 線形エピトープマッピングサービス

PEPperCHIP™ ペプチドマイクロアレイを用いることで高密度にペプチドを配置することが出来ます。これによって、複数種類の抗原由来の1残基オフセットオーバーラッピングペプチドを1 枚のマイクロアレイ上に合成することが可能となり、複数のマイクロアレイを用いる場合と比較し、アレイおよび試薬コストの削減およびアッセイ時間の短縮が可能になります。
マイクロアレイを抗体や血清とインキュベートし、次いで蛍光標識2次抗体とインキュベートすることによって、サンプル中の抗体に対するエピトープに対応する部分にスポットが生じます。また、PEPperCHIP™ ペプチドマイクロアレイでは標準で1残基オフセットのオーバーラッピングペプチドを1枚のマイクロアレイ上に合成できるため、高分解能のエピトープマッピングが可能です。低分解能のエピトープマッピングでは高分解能の場合と比較し、ピークの分離が不明確であったり、エピトープの長さが確定できない等の問題が存在します。低分解能と高分解能のエピトープマッピング結果の比較はこちらから
解析に用いることが可能なマイクロアレイは標準サイズ（～4,300ペプチド:2重に配置した場合）のPEPperCHIP™ 標準マイクロアレイ、PEPperCHIP™ カスタムマイクロアレイおよび大サイズ(～30,000:2重に配置した場合) のPEPperCHIP™ エピトームマイクロアレイおよびPEPperCHIP™ ディスカバリーマイクロアレイからご選択頂けます。

サンプル

血清10～20μLまたは精製抗体10～20μg

必要情報

対象となるタンパク質の配列情報(Fastaフォーマット等）

タイプ1エピトープマッピング：単一ペプチド長

タイプ1エピトープマッピングは全てのペプチドで単一のペプチド長を採用し、1残基オフセットしたオーバーラッピングペプチドを標準フォーマット上に合成したマイクロアレイを使用します。タイプ1エピトープマッピングサービスはモノクローナル抗体および血清サンプルの場合に推奨されます。

マイクロアレイ構成ペプチド

単一または複数の抗原由来のオーバーラッピングペプチド

ペプチド長

標準では15アミノ酸残基（変更も可能。最大20アミノ酸残基）

オフセット

標準では1アミノ酸残基（変更も可能）

同一ペプチドの繰り返し数

2（変更も可能）

コントロールペプチド

HA(YPYDVPDYAG)およびFLAG(DYKDDDDKAS)ペプチド

使用マイクロアレイの例

400アミノ酸残基タンパク質の場合、2×386 ペプチドから構成

タイプ2 エピトープマッピング：3 種類のペプチド長

タイプ2エピトープマッピングは全てのペプチドで各々3種類のペプチド長(通常10、12および15アミノ酸残基)を採用し、1残基オフセットしたオーバーラッピングペプチドを標準フォーマット上に合成したマイクロアレイを使用します。タイプ２エピトープマッピングサービスはポリクローナルサンプルを用いて隣接して存在する可能性があるエピトープを識別しながらマッピングする必要がある場合やペプチド長が抗体の結合と関係する場合に推奨されます。また、タイプ1と比較して3倍のデータポイントが得られます。

マイクロアレイ構成ペプチド

単一または複数の抗原由来のオーバーラッピングペプチド

ペプチド長

標準では10、12 および15アミノ酸残基。
変更も可能。最大20アミノ酸残基

オフセット

標準では1アミノ酸残基（変更も可能）

同一ペプチドの繰り返し数

2（変更も可能）

コントロールペプチド

HA(YPYDVPDYAG)およびFLAG(DYKDDDDKAS)ペプチド

使用マイクロアレイの例

400アミノ酸残基タンパク質の場合、2×1,166ペプチドから構成

タイプ1とタイプ2での結果の比較

15残基のオーバーラッピングペプチド（1残基オフセット）に対するモノクローナル抗体のエピトープマッピング。マイクロアレイのスキャン結果(左）および蛍光強度プロット(右) から、15アミノ酸残基ペプチドではコンセンサス配列を含む明確には分離できない隣接エピトープピークがエピトープ全体を代表する配列になっていることがわかる。HA(赤) およびFlag(緑) コントロールペプチドは抗原由来のペプチドの領域のフレームを構成している。

10、12 および15 残基のオーバーラッピングペプチド（1残基オフセット）に対するポリクローナル抗体のエピトープマッピング。マイクロアレイのスキャン結果(左）および蛍光強度プロット(右) から、15アミノ酸残基ペプチドでは明確には分離できないピークが10および12アミノ酸残基ペプチドでは明確に2個の隣接するエピトープに分離されていことがわかる。HA(赤) およびFlag(緑) コントロールペプチドは抗原由来のペプチドの領域のフレームを構成している。