PEPperMAP™ 線形ペプチドシングル置換スキャンサービス
ペプチドシングル置換スキャンでは、エピトープやペプチドターゲットバインダー等の各位置のアミノ酸残基を順々に標準アミノ酸や非標準アミノ酸、非天然アミノ酸で置換します。
アプリケーション
· エピトープ中の保存的および非保存的アミノ酸残基の同定
· 変異エピトープや新規ミモトープの探索
· 抗体の特異性や交差反応性の評価
· ペプチドワクチン開発
· ペプチドターゲットバインダーの開発
サンプル
血清10～20μLまたは精製ターゲット抗体/タンパク質10～20μg
（タンパク質の場合ビオチン、FLAG、His、HAタグ等の付加またはターゲットタンパク質特異的抗体が必要です）
マイクロアレイ構成ペプチド
出発配列の各位置で1アミノ酸残基をそれ以外の19種類の標準アミノ酸で置換（ご希望の場合、非標準アミノ酸、修飾アミノ酸および非天然アミノ酸も可能）した配列を持つペプチドおよび元の配列で構成されるライブラリ
ペプチド長
標準では15アミノ酸まで
変更も可能。最長20アミノ酸残基
スキャン対象モチーフペプチド長
標準では15アミノ酸まで
変更も可能。最長20 アミノ酸残基
同一ペプチドの重複数
標準では3（変更も可能）
コントロールペプチド
標準ではHA(YPYDVPDYAG)およびFLAG(DYKDDDDKAS)ペプチド（フレーム部位）
出発配列数
複数の出発配列由来のペプチドライブラリを同時に配置可能（例：15アミノ酸残基のペプチドを標準アミノ酸で置換する場合、約10種類。3重に配置する場合。）
分析
各サンプル毎にマイクロアレイを使用した分析の他、単一マイクロアレイを使用した複数サンプルの混合液とのインキュベーションや複数サンプルとの連続的なインキュベーションも可能。(
特異的抗体や異なるタグ等によって抗体やターゲットタンパク質を識別することが可能な場合）
必要情報
ペプチド配列情報
納品物
アミノ酸プロット、アミノ酸置換マトリックスを含むレポート
12アミノ酸残基から構成される出発ペプチドのシングルスキャンの結果。マイクロアレイの蛍光強度パターン(左上）とヒートマップ(左下）が示されている。アミノ酸プロット(右)
ではアミノ酸残基の置換に伴う蛍光強度の変化が示されている。100%は元の配列の蛍光強度を示す。12のうち7つのアミノ酸残基が保存的であり、置換されると結合性を示さない。HA(赤)
およびFLAG(緑)コントロールがフレームを形成している。